毕业设计开题报告
1 变构调节及其研究方法
在生物大分子中，配体结合到距离活性位点较远的位置而远程对活性位点的活性产生影响的现象称为变构调节。自五十年前变构调节第一次被报导[1]以来，这种分子内的信息传递形式一直受到人们的持续关注，对于该现象的理解也成为从分子层面解读许多生命过程的基础。对于变构调节的模型解释可以概括为从抽象到具体再到抽象的螺旋上升过程。从最早仅仅为了解释实验现象而抽象出的KNF模型（序变模型）和MWC模型（齐变模型），到后来认为变构调节只是可以在高分辨结构中观察到的来自于变构位点结构扰动的传递，到近十年来更倾向于从宏观的热力学与动力学角度去讨论蛋白质的构象集合本质[2]，认识不断加深，对变构调节的研究方法也在不断调整。
从目前占主导地位的认识来看，变构调节几乎可以被认为是动态蛋白质的一种内禀性质，或者说是蛋白质柔性的另一种体现[3] 。如果把动态蛋白质的实际构象看作是众多可能构象的平均值或者集合，那么变构调节就是配体与某一潜在构象结合，使该构象稳定、能量降低，从而造成蛋白质在构象集合上取值分布变化的过程。
基于上述认识，对研究变构调节的理论分类也就取决于如何看待蛋白质的动态体系。如将蛋白质看作是氨基酸残基相互作用网络，则对应的是图论的处理方法[4]。如将每个氨基酸残基近似成alpha;碳，研究alpha;碳的简谐振动，则对应蛋白质的弹性网络模型[5]。更加精细的分子动力学模拟方法引入了时间尺度等因素，使得结果更为合理。
除了从能量与相互作用出发的热力学与动力学角度，研究蛋白质的序列遗传信息，从功能角度研究变构调节可谓另辟蹊径。根据位于变构调节传递网络上的氨基酸残基一般承受一定的进化压力的假说，通过探测相距较远而又协同进化的氨基酸网络可以帮助发现蛋白质中的潜在的变构调节路径，为发现潜在变构位点提供帮助[6]。这一类方法的代表是统计偶联分析[7]。
2 Ras蛋白
Ras蛋白是人体内重要的原癌基因Ras基因所编码而产生的蛋白质。根据结合状态不同，可分为与GTP结合的激活型和与GDP结合的失活型两种形态。只有激活型的Ras可以和下游效应因子结合，开启信号通路。
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