开题报告内容:(包括拟研究或解决的问题、采用的研究手段及文献综述,不少于2000字)拟研究的课题:使用ChEMBL database分析抗病毒核酸药物的数量并与现有化合物进行比较采用的研究手段:先从ChEMBL database上下载尽可能多的抗病毒核算类药物,RDKit是一种开源的化学信息学工具包,能够将化合物分子以数字化的信息进行存储和计算,然后我们利用RDKit将找到的核酸类药物导入到RDKit中,并生成分子描述符。
当我们得到化合物的分子描述符之后,我们根据Lipinski Rule of 5对化合物的分子描述符进行计算分析,而当我们做完这些之后,我们需要再从已有抗病毒活性的药物中选取一些活性官能团对我们自己生成的化合物数据库进行修饰,得到一个新的化合物数据库。
再通过一定的方法对这个数据库进行优化,我们就可以得到我们的结果。
文献综述:核酸类分子的化学空间与功能摘要:生物学对DNA和RNA中的遗传信息进行编码,这些信息与它们的生物学功能和生物生产模式密切相关。
核酸在生物信息流中的中心作用使其成为药物研究的关键目标。
事实上,其他类核酸聚合物可以在体内和体外发挥与天然核酸类似的作用;然而,尽管在过去的几十年里取得了显著的进步,但在哪些结构与分子信息存储相兼容方面仍有许多未知之处。
化学空间描述分子的结构和性质,可以存在于一个给定的分子式或其他分类系统中。
所以有研究者利用结构生成的方法探索了核酸排列结构的可能性。
关键词:核酸类分子;结构生成;功能The chemical space and function of nucleic acid moleculesAbstract: Biology encodes hereditary information in DNA and RNA, which are nely tuned to their biological functions and modes of biological production. The central role of nucleic acids in biological information ow makes them key targets of pharmaceutical research. Indeed, other nucleic acid-like polymers can play similar roles to natural nucleic acids both in vivo and in vitro; yet despite remarkable advances over the last few decades, much remains unknown regarding which structures are compatible with molecular information storage. Chemical space describes the structures and properties of molecules that could exist within a given molecular formula or other classication systemKeywords: Nucleic acid molecules;Structure generation;function正文:所有陆地生物都以两种聚合物(RNA和DNA)编码遗传信息,这两种聚合物是四种单体类型的线性重复聚合物(RNA中的腺苷、鸟苷、胞苷和尿苷5′-单磷酸,DNA中的脱氧腺苷、脱氧鸟苷、脱氧胞苷和脱氧胞苷5′-单磷酸),由一个共同的简单基序连接,核糖(或脱氧核糖)磷酸二酯主链。
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